Historia tej świątyni sięga 1480 roku, kiedy to z inicjatywy Mikołaja i Krzysztofa Strzałów wzniesiono tu kościół pod wezwaniem św. Jerzego. Na początku XVII wieku przeniesiono do niego z Ujazdu cudowną figurę św. Anny, co stało się impulsem do zmiany zarówno wezwania świątyni, jak i nazwy góry, która wcześniej związana była z patronatem św. Jerzego.
Pierwotnie gotycki kościół był wielokrotnie przebudowywany, przez co jego obecna forma wykazuje wyraźne cechy stylu neobarokowego. Wnętrze, utrzymane w duchu baroku, kryje sześć ołtarzy bocznych oraz szczególnie cenną, mierzącą 66 cm figurę św. Anny Samotrzeciej, wykonaną najprawdopodobniej w XV wieku z drewna lipowego.
Świątynia stanowi część rozbudowanego zespołu klasztornego. Już w 1655 roku przybyli tu franciszkanie, którzy rok później rozpoczęli wznoszenie zabudowań klasztornych. Do dziś sprawują oni opiekę nad całym kompleksem, który nieprzerwanie przyciąga licznych pielgrzymów i turystów, stając się ważnym ośrodkiem życia religijnego i kulturowego regionu.
Otoczenie bazyliki również ma wyjątkowy charakter — znajdują się tu liczne kaplice z XVIII wieku, w tym 26 kaplic Drogi Męki Pańskiej i Dróżek Matki Bożej, sześć kaplic maryjnych oraz kaplica św. Józefa z połowy XVIII stulecia.
W 1980 roku świątynia została podniesiona do rangi bazyliki mniejszej, co podkreśliło jej znaczenie w skali kraju. Trzy lata później odwiedził ją papież Jan Paweł II, co dodatkowo umocniło jej rangę jako ważnego miejsca pielgrzymkowego.
